Ciprofloxacin chỉ được chỉ định cho các nhiễm khuẩn nặng mà các thuốc kháng sinh thông thường không tác dụng để tránh phát triển các vi khuẩn kháng Ciprofloxacin : Viêm đường tiết niệu trên và dưới, viêm tuyến tiền liệt, viêm xương-tuỷ, viêm ruột vi khuẩn nặng, nhiễm khuẩn nặng mắc trong các bệnh viện (nhiễm khuẩn huyết, người bị suy giảm miễn dịch)